Der San Francisco Azogues ist ein ecuadorianischer Fußballverein aus Azogues in der Provinz Cañar. Der Verein wurde am 30. April 1973 gegründet und trägt seine Heimspiele im Estadio Jorge Andrade Cantos aus, das 9.000 Zuschauern Platz bietet.
San Francisco Azogues spielte von 2004 bis 2009 in der Primera Categoría A, der höchsten ecuadorianischen Spielklasse. Im Jahr 2004 wurde der Verein Vizemeister und qualifizierte sich damit für die Copa Libertadores, wo er in der ersten Runde gegen CA River Plate aus Argentinien ausschied. In den Jahren 2005 und 2006 erreichte San Francisco Azogues jeweils das Halbfinale der Copa Sudamericana.
Im Jahr 2009 stieg der Verein in die Segunda Categoría ab, konnte aber 2012 wieder in die Primera Categoría B aufsteigen. In der Saison 2013 wurde San Francisco Azogues Meister der Primera Categoría B und stieg damit wieder in die Primera Categoría A auf.
Die größten Erfolge des Vereins sind der Gewinn der Copa Ecuador im Jahr 2016 und der zweite Platz in der Primera Categoría A im Jahr 2004.
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