Der FK Kauno Zalgiris U19 ist ein litauischer Fußballverein aus Kaunas. Er ist die Jugendmannschaft des FK Kauno Žalgiris und spielt in der A Lyga U19, der höchsten Spielklasse im litauischen Jugendfußball.
Die Mannschaft wurde 2004 gegründet und nahm erstmals in der Saison 2005/06 an der A Lyga U19 teil. In den ersten Jahren konnte sich das Team nicht in der Spitzengruppe etablieren und belegte meist Plätze im unteren Mittelfeld.
In der Saison 2010/11 gelang dem FK Kauno Zalgiris U19 der erste große Erfolg. Die Mannschaft gewann den litauischen Pokal der U19-Junioren. In der folgenden Saison konnte der Verein diesen Erfolg wiederholen.
In der Saison 2012/13 wurde der FK Kauno Zalgiris U19 erstmals litauischer Meister der U19-Junioren. Diesen Titel konnte die Mannschaft in den folgenden beiden Saisons verteidigen.
In der Saison 2015/16 nahm der FK Kauno Zalgiris U19 erstmals an der UEFA Youth League teil. Die Mannschaft schied jedoch bereits in der ersten Qualifikationsrunde gegen den FC Barcelona U19 aus.
In der Saison 2016/17 wurde der FK Kauno Zalgiris U19 erneut litauischer Meister der U19-Junioren. Diesen Titel konnte die Mannschaft in der folgenden Saison wiederholen.
In der Saison 2018/19 nahm der FK Kauno Zalgiris U19 erneut an der UEFA Youth League teil. Die Mannschaft schied jedoch erneut in der ersten Qualifikationsrunde aus, diesmal gegen den FC Kopenhagen U19.
In der Saison 2019/20 wurde der FK Kauno Zalgiris U19 erneut litauischer Meister der U19-Junioren. Diesen Titel konnte die Mannschaft in der folgenden Saison wiederholen.
In der Saison 2021/22 nahm der FK Kauno Zalgiris U19 erneut an der UEFA Youth League teil. Die Mannschaft schied jedoch erneut in der ersten Qualifikationsrunde aus, diesmal gegen den FK Partizan Belgrad U19.
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