Der FC Iliria wurde 1968 von kroatischen Einwanderern in Schaffhausen gegründet. Der Verein entwickelte sich schnell zu einem starken Amateurteam und stieg in den 1980er Jahren in die 1. Liga auf. In den folgenden Jahrzehnten spielte Iliria zwischen der 1. und 3. Liga.
2014 feierte der Verein sein 50-jähriges Bestehen und feierte dies mit einem Freundschaftsspiel gegen die kroatische Nationalmannschaft.
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