AJ Auxerre II ist die Reservemannschaft von AJ Auxerre, einem Profi-Fußballverein aus Auxerre, Frankreich. Die Mannschaft ist in der National 3, der fünften Liga des französischen Fußballs, angesiedelt und trägt ihre Heimspiele im Stade de l'Abbé-Deschamps aus, das auch die erste Mannschaft nutzt.
Die Geschichte von AJ Auxerre II beginnt im Jahr 1970, als der Verein gegründet wurde. Zuvor hatte Auxerre bereits eine Jugendmannschaft, die jedoch nicht am offiziellen Wettkampfbetrieb teilnahm. Die neue Mannschaft wurde in die Division d'Honneur Régionale, die sechste Liga des französischen Fußballs, eingeordnet und stieg 1972 in die Division d'Honneur, die fünfte Liga, auf.
In der Division d'Honneur spielte AJ Auxerre II bis zum Jahr 1984, als der Verein in die vierte Liga, die Division 4, aufstieg. In der Division 4 spielte Auxerre II bis zum Jahr 1989, als der Verein in die dritte Liga, die Division 3, aufstieg.
In der Division 3 spielte AJ Auxerre II bis zum Jahr 1993, als der Verein in die zweite Liga, die Division 2, aufstieg. In der Division 2 spielte Auxerre II bis zum Jahr 1996, als der Verein in die erste Liga, die Division 1, aufstieg.
In der Division 1 spielte AJ Auxerre II nur eine Saison, denn im Jahr 1997 stieg der Verein wieder in die zweite Liga ab. In der zweiten Liga spielte Auxerre II bis zum Jahr 2002, als der Verein in die dritte Liga, die National, abstieg.
In der National spielte AJ Auxerre II bis zum Jahr 2008, als der Verein in die vierte Liga, die Championnat de France Amateurs, abstieg. In der Championnat de France Amateurs spielte Auxerre II bis zum Jahr 2017, als der Verein in die fünfte Liga, die National 3, abstieg.
In der National 3 spielt AJ Auxerre II bis heute. Die Mannschaft hat in ihrer Geschichte noch keinen großen Titel gewonnen, aber sie hat einige Spieler hervorgebracht, die später in der ersten Mannschaft von Auxerre und anderen Profivereinen gespielt haben.