Der FK Krasnodar U20 ist ein russischer Fußballverein aus Krasnodar und die zweite Mannschaft des FK Krasnodar. Der Verein wurde 2013 gegründet und spielt seit der Saison 2013/14 in der Perwenstwo FNL, der zweithöchsten Spielklasse Russlands.

Die Heimspiele des FK Krasnodar U20 werden im Krasnodar-Stadion ausgetragen, das 34.291 Zuschauern Platz bietet.

Die erfolgreichste Saison des FK Krasnodar U20 war die Saison 2016/17, als die Mannschaft den zweiten Platz in der Perwenstwo FNL erreichte und damit den Aufstieg in die Premjer-Liga verpasste.

In der Saison 2018/19 erreichte der FK Krasnodar U20 das Achtelfinale des russischen Pokals, wo die Mannschaft gegen den FK Rostow mit 0:1 verlor.

Der FK Krasnodar U20 ist ein wichtiger Bestandteil des russischen Fußballs und hat in den letzten Jahren viele talentierte Spieler hervorgebracht, die mittlerweile in der ersten Mannschaft des FK Krasnodar oder bei anderen russischen Vereinen spielen.