Baikonur Qysylorda (kasachisch Байқоңыр Футбол Клубы, russisch Футбольный клуб «Байконур») war ein kasachischer Fußballverein aus Qysylorda.
Gegründet wurde der Verein 2014 als Qaisar-Schas.
Der Verein spielte von 2015 bis 2022 in der Ersten Liga, der zweithöchsten Spielklasse von Kasachstan. Im Februar 2023 wurde die Auflösung des Vereins bekanntgegeben.